花卉栽培的培养土大多数是需要进行配制，土壤多细菌、病毒和真菌，有些花抗病虫害能力比较弱，要求培养土干净没有细菌和虫卵，尤其是用来清除繁殖的土壤，避免病菌从插穗伤口侵入花卉体内，造成花卉植株腐烂死亡，影响扦插成活，因此，盆栽培养土和扦插繁殖用土必须进行消毒处理，杀死培养土中的病菌。一般采用的土壤消毒方法有甲醛消毒法、蒸煮消毒法和二硫化碳消毒法等。
1、甲醛消毒法，就是用福尔马林来对培养土进行消毒，每立方米用40%的福尔马林400—500毫升均匀撒在培养土上，然后把培养土堆积，上面覆盖塑料薄膜，经过48小时后，揭去覆盖的塑料薄膜，摊开培养土，等福尔马林挥发后，消毒就完成了。
2、用福美双或者敌克松或者五硝基苯5克拌半干的培养土2.5—3公斤。
3、蒸煮消毒：这种方法是对少量的培养土进行消毒处理，将配制和的培养土放在适当的容器中，隔水在锅中蒸煮消毒，消毒时间40—60分钟，这是最有效的消毒方法。
4、二硫化碳消毒法：是先堆积培养土，在土堆的上方穿透几个孔，按每立方米的培养土用3.5克左右的二硫化碳注入后在孔开口处用秸秆盖严，经过48—72个小时后揭开秸秆，摊开培养土，使二硫化碳全部散失后消毒完成。
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